1998年，吴卓羲参加TVB第七期跳舞艺员训练班。
2000年，他由古天乐推荐入读TVB艺员训练班第一期；12月，成为TVB全经理人合约艺人。
2003年，参演清装武侠剧《英雄・刀・少年》，在剧中饰演王五；10月，在吴镇宇、马德钟、陈慧珊主演的时装剧《冲上云霄》中饰演言行不拘小节的唐亦风。
2004年7月，与林峰、李倩、杨怡共同主演古装武侠剧《大唐双龙传》，在剧中饰演外冷内热的徐子陵，并凭借此剧获得万千星辉颁奖典礼飞跃进步男艺员奖。
2005年2月，参演根据《西厢记》改编而成的古装剧《西厢奇缘》，在剧中饰演书生张君瑞；4月，主演黄伟声监制的时装励志剧《学警雄心》，在剧中饰演领悟力强的钟立文；8月，正式签约BMA做歌手；8月15日，与马德钟、郭可盈合作拍摄的电视剧《酒店风云》播出，在剧中饰演性格偏激的王启杰；8月25日，主演的爱情片《拥抱每一刻花火》上映；12月，发行个人首张音乐专辑《特快通行》，成为首位出唱片的四小生，并凭借该专辑获得十大劲歌金曲最受欢迎男新人银奖。
2006年1月，吴卓羲在香港九龙会展中心举行个人音乐会，成为首位举行音乐会的四小生；6月，出演电视剧《男人之苦》，该剧讲述了康家两父子的故事，在剧中饰演乐观开朗、讲义气的康世熙；同年，发行第二张音乐专辑《Fast.Forward》。
2007年1月，与马浚伟、廖碧儿、徐子珊主演的电视剧《突围行动》播出，在剧中饰演斯文有礼、充满爱心的童日进；3月，在陈锦鸿、胡杏儿、唐宁主演的抗日剧《乱世佳人》中饰演乐于助人的田孝义；6月4日，参演的电视剧《学警出更》播出，该剧讲述了立文与柏翘等一众学警在警校毕业后，初任警察时所发生的事情，在剧中再度饰演钟立文；6月30日，出演为纪念香港主权移交十周年由TVB与中央电视台联合制作的时装商战剧《岁月风云》，在剧中饰演危介强。
2008年，参演由霍耀良执导的都市情感剧《浓情一生》，在剧中分饰李靖云和李熏风两个角色；7月，与姚芊羽合作拍摄的谍战剧《生死谍恋》播出，在剧中饰演唐问生；9月，出演由温瑞安小说改编的电视剧《少年四大名捕》，在剧中饰演神捕司名捕冷血；同年，与岳华、邓萃雯、谢雪心、商天娥合作拍摄古装剧《巾帼枭雄》。
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009年2月，主演由TVB出品的学警系列剧集的第三辑《学警狙击》；11月，出演潘嘉德执导的怀旧时装剧《巴不得爸爸》，在剧中饰演楚帆的儿子楚慈；同年，与陈思成、马雅舒合作拍摄年代剧《大丫鬟》，在剧中饰演出身军阀之家的方少陵。
2010年，参演由黄伟声监制的情景喜剧《女王办公室》，在剧中饰演与家人缺乏沟通的凌笑淇。
2011年4月，与杨怡、陈豪、钟嘉欣共同主演的时装剧《点解阿Sir系阿Sir》播出，在剧中饰演督察程文力；6月，在郭晋安、陈锦鸿主演的电视剧《团圆》中饰演万昌盛集团副总裁翁以行；10月，出演TVB44周年台庆剧《法证先锋Ⅲ》，在剧中饰演西九龙重案组警长李展风。
2012年1月，出演家庭剧《缺宅男女》，在剧中饰演有上进心的股票经纪丁冠峰；10月，出演民国剧《名媛望族》，在剧中饰演金木水；同年，在古巨基、马苏主演的电视剧《春光灿烂之欢乐元帅》中饰演吴刚。
2013年7月，参演《冲上云霄》的续集《冲上云霄2》；同年，与江若琳合作拍摄情感剧《待嫁十年》。
2014年3月，出演警匪剧《叛逃》，在剧中饰演嫉恶如仇的庄有杰；7月，与郭晋安、田蕊妮合作拍摄的悬疑剧《忠奸人》播出，在剧中饰演张立勋；9月，主演由舒仪同名网络小说改编的都市职场剧《格子间女人》播出，在剧中饰演谭斌的上司程睿敏；12月，再度与胡杏儿合作拍摄古装爱情喜剧《醋娘子》，在剧中饰演计准。
2015年，主演由沈怡执导的电视剧《幸福归来》，在剧中饰演韩铭；8月15日，参演的都市浪漫爱情偶像剧《最佳前男友》播出，在剧中饰演程湘南前男友尹浩然；同年，主演民国剧《长梦留痕》。